Ninja Van ditubuhkan pada tahun 2014 oleh warga Singapura Lai Chang Wen, Shaun Chong, dan Tan Boxian. Syarikat ini menggunakan model hub-and-speak, berbanding syarikat lain seperti GOGOX dan Lalamove yang menggunakan model point-to-point.[3]

Pada tahun 2019, rata-rata mengirimkan satu juta bungkusan sehari di seluruh rantau ASEAN.[4]

Semasa pandemik COVID-19 di Singapura pada tahun 2020, Ninja Van menyaksikan peningkatan jumlah bungkusan tiga kali ganda di Singapura.[5] Di Malaysia, ia menyaksikan peningkatan jumlah penghantaran dua kali ganda, didorong oleh pertumbuhan transaksi perdagangan sosial.[6]

Pada Julai 2021, dilaporkan bahawa Ninja Van sedang mempertimbangkan IPO pada tahun 2022.[7][8][9]